Seit 1984 sind die Aalbeek-Niederungen und der nördliche Teil des Hemmelsdorfer Sees Naturschutzgebiet und gelten als Natura 2000-Gebiet, als ausgewiesenes europäisches Schutzgebiet. In einem schmalen Bruchwaldgürtel wachsen Schwarzerlen und verschiedene Weidenarten, aber auch Moorbirke, Faulbaum und Schwarze Johannisbeere und auf den Wiesen im Frühjahr Sumpfdotterblume und Primel, im Frühsommer der Scharfe Hahnenfuß oder der Große Sauerampfer. Außerdem gedeihen hier gefährdete Arten wie die Gelbe Wiesenraute, Groß- und Kleinseggen sowie viele Orchideen. Typische Pflanzenarten sind auch Schwertlilie, Gilb- und Blutweiderich, bittersüßer Nachtschatten und Sumpffarn. Auf der Roten Liste stehen das breitblättrige ebenso, wie das seltenere fleischfarbene Knabenkraut. Das Feuchtgebiet wird wegen seiner intakten ökologischen Verhältnisse, den seltenen Pflanzenarten und der Bedeutung als Brut-, Rast- und Überwinterungsgebiet von vielen Vogelarten besonders gern angenommen. Dazu finden sich Im breiten Röhrichtstreifen am Ufer des Hemmelsdorfer Sees wichtige schilfbewohnende Vogelarten, wie z.B. Schilfrohrsänger, sowie Rohrdommel und Rohrweihe. Bemerkenswert ist die Aalbeek-Niederung auch als Heimat einer reichen Kleintierwelt. Moorfrosch, Eisvogel, Küstenseeschwalben, Kranich, Pirol, Seeadler, aber auch Libellen, Schmetterlinge, wie Admiral, Kleiner Fuchs, Distelfalter und Tagpfauenauge, finden hier ihre idealen Lebensbedingungen.